Après des études de piano et de composition à Genève, Hugues Dufourt obtient l’agrégation de philosophie en 1967. En 1968, il est responsable de la programmation musicale au Théâtre de la Cité à Villeurbanne dirigé par Roger Planchon, avant d’enseigner la philosophie à l’Université Jean-Moulin Lyon III (1968-1973), et de devenir l’un des responsables de l’ensemble L’Itinéraire en 1975. Chargé de recherche au CNRS depuis 1977, puis directeur de recherche en 1985, il fonde successivement le Collectif de recherche instrumentale et de synthèse sonore (Criss) avec Alain Bancquart et Tristan Murail, le Centre d’information et de documentation «recherche musicale» (1982), le Séminaire d’histoire sociale de la musique (1984), l’Ensemble Forum à Lyon (1985) et la Formation doctorale «musique et musicologie du XXe siècle» (1989), avec le CNRS, l’École des hautes études en sciences sociales (EHESS), l’École normale supérieure et l’IRCAM. Ses principaux écrits ont été publiés sous le titre Musique, Pouvoir, Écriture (Christian Bourgois, 1991).
Pionnier de la musique spectrale et associé à la direction de l’ensemble L’Itinéraire, il a reçu plusieurs prix dont le Grand Prix de la Musique de Chambre (SACEM, 1975), le Grand Prix de l’Académie Charles Cros (1980), le Prix Koussevitski (1985), le Prix du jury du Festival Musique en Cinéma (1987) ainsi que le Prix des Compositeurs de la SACEM (1994). Ses œuvres ont été jouées dans les festivals internationaux et les grandes capitales du monde entier.
Hugues Dufourt a reçu en décembre 2000 le Prix du Président de la République pour l’ensemble de son œuvre à l’occasion du premier enregistrement d’Erewhon, avec les Percussions de Strasbourg sous la direction de Lorraine Vaillancourt (Accord).
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