El-Khoury a suivi l’enseignement d’Hagop Arslanian et a fait des débuts très précoces tant en musique qu’en poésie. En 1979 il part pour Paris où il sera l’élève de Pierre-Petit en composition. Dès 1983 les grands orchestres français commencent à programmer ses œuvres et à lui passer des commandes. Ses pièces sont ainsi interprétées par l’Orchestre Colonne (direction de Pierre Dervaux), l’Orchestre national de France (dir. Kurt Masur et Daniele Gatti), l’Orchestre de Paris (dir. Paavo Järvi), mais aussi le London Symphonie Orchestra (dir. Daniel Harding), l’Orchestre symphonique de Québec (dir. Fabien Gabel) et bien d’autres. Des solistes tels que Daniel Hope, Sarah Nemtanu, Emmanuel Pahud, Abdel Rahman El Bacha, David Guerrier, Patrick Messina, Pascal Amoyel et Giaccomo Scinardo ont créé ou enregistré ses pièces. Ses œuvres sont régulièrement interprétées dans de nombreuses villes du monde: Paris, Londres, Zurich, Hambourg, Beyrouth, Pékin, New-York, Oslo. Son catalogue est composé d’œuvres symphoniques mais aussi de nombreuses pièces pour piano. Sa riche discographie se partage entre Naxos et Deutsche Grammophon et son œuvre est éditée chez Durand (Paris). En novembre 2020, son poème symphonique Il fait novembre dans mon âme était créé Salle Gaveau à Paris par l’Orchestre de chambre de Paris en mémoire aux victimes de l’attentat du Bataclan. En 2016, une biographie lui a été consacrée dans la collection Figures musicales du Liban aux édition Geuthner (Paris).
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