Manfred Stahnke a fait ses études de composition en Europe auprès de Fortner, Huber, Fer-neyhough et Ligeti, puis aux États-Unis avec Johnston (adepte de musique microtonale) et Chowning (spécialisé en informatique musicale). Il a parallèlement complété des études en musicologie, dans le cadre desquelles il a publié un ouvrage sur la Troisième Sonate pour piano de Boulez (1979).
Il a écrit notamment trois opéras, dont deux dans un langage microtonal (Usher d’après E.A. Poe, 1981; Heinrich IV d’après Pirandello, 1987), et un, plus récent, de type multimédia (Orpheus Kristall, pour scène et Internet, 2001). Il est également très actif dans le domaine de la musique instrumentale, comptant à son répertoire plusieurs œuvres orchestrales (Der Mandelbrotbaum, 1992; Trace des sorciers, 1997, De Danzbodnlock, 2006) et de nombreuses œuvres de musique de chambre jouées par d’importants ensembles allemands et internationaux. Il travaille d’ailleurs présentement avec l’Ensemble moderne de Corée et l’ensemble Intégrales du Danemark, tout en enseignant la composition et la théorie musicale à la Musikhochschule de Hambourg.
Il a publié plusieurs ouvrages musicologiques sur différents compositeurs dont Harry Partch, György Ligeti, Pierre Boulez, Gérard Grisey ainsi que sur son propre travail.